Pokemon não apenas recebeu elogios...

Pokémon não apenas recebeu elogios, mas também críticas ruins e contestações quanto a alguns aspectos. Um deles é o design da Jynx original que tinha a pele preta. Muitas pessoas diziam que era um tipo de racismo contido nos jogos, sendo criticado pela revista Black World Today dizendo que era uma ofensa às crianças, logo após o especial Holiday Hi-Jynx ir ao ar, na época do Natal. Em resposta à crítica, a Nintendo decidiu mudar a cor do Pokémon, alterando sua cara de preta para roxa. Pokémon é seriamente criticado por racismo. Até mesmo Brock, que tem uma pele mais escura no anime, teve de ter sua pele um pouco mais clara nos jogos.

Muitas igrejas evangélicas dos Estados Unidos (mas também de outros países como Brasil) acreditam que Pokémon é uma série satânica, embora o tema religião nunca tenha sido mencionado na série. As "conexões" mais comuns que essas comunidades apresentam entre Pokémon e o satanismo são:

* Pokémon seriam demônios, são capturados e invocados para fazer o mal.
* As Insígnias de Ginásio seriam talismãs mágicos que servem para controlá-los.
* Pedras mágicas (as Pedras Pokémon, usadas para evoluir Pokémon como o Pikachu e o Eevee) tornariam os Pokémon ainda mais demoníacos.
* Alguns Pokémon, como Murkrow e Darkrai, representam bruxas, fantasmas e demônios.